農業生態補償管理系統是指為保護和修復生態系統，提高農業可持續發展，通過與農業經濟緊密結合的方式進行生態補償的管理系統。該系統通過對農業生態環境的量化監測、評估和分析，制定相應的生態補償政策和措施，優化農產品生產和經營，加強與環境友好的農業生產方式的協調，促進農業可持續發展。該系統可以有效地推動農業生態環境的改善，促進生態保護與農業發展的有機結合，培育健康且可持續的農業生態系統，同時也能夠引導農民合理發展生產，增加其收入，提高生活質量。農業生態補償管理系統是當前環保與農業發展的一項重要舉措，其成效能夠實現生態保護與經濟效益的雙贏。